一般來說，高新技術(shù)企業(yè)認定審計內(nèi)容主要包括以下方面:

1、核心自主知識產(chǎn)權(quán)問題?！陡咝录夹g(shù)企業(yè)認定管理辦法》規(guī)定，高新技術(shù)企業(yè)需通過自主研發(fā)、受讓、受贈、并購等方式，獲得對其主要產(chǎn)品(服務(wù))在技術(shù)上發(fā)揮核心支持作用的知識產(chǎn)權(quán)的所有權(quán)。

2、人員判定問題?！陡咝录夹g(shù)企業(yè)認定管理辦法》規(guī)定，企業(yè)從事研發(fā)和相關(guān)技術(shù)創(chuàng)新活動的科技人員占企業(yè)當(dāng)年職工總數(shù)的比例不低于10%。

3、參照《國家重點支持的高新技術(shù)領(lǐng)域》，判斷企業(yè)產(chǎn)品是否存在對應(yīng)領(lǐng)域。

4、關(guān)注高新技術(shù)產(chǎn)品(服務(wù))收入和研究開發(fā)費用結(jié)構(gòu)明細表，避免錯誤，明確管控程序和審計程度，獲取充分、合理的審計證據(jù)。

5、關(guān)注本期主要高新技術(shù)產(chǎn)品(服務(wù))的毛利率并與上期比較，注意收入與成本是否配比，檢查兩期之間是否存在異常。

6、關(guān)注單位時間段高新技術(shù)產(chǎn)品(服務(wù))收入的變化情況，分析變化趨勢是否正常,是否涉及重大的關(guān)聯(lián)方交易，是否符合申報企業(yè)的經(jīng)營規(guī)律(如季節(jié)性、周期性等)。

7、關(guān)注技術(shù)性收入中當(dāng)期開始的，提供勞務(wù)、跨期完工的技術(shù)承包、技術(shù)服務(wù)、接受委托科研等合同，檢查是否采用完工百分比法，確認收入。

8、關(guān)注高新技術(shù)產(chǎn)品(服務(wù))收入的確認方法是否與財務(wù)報表所采用的收入確認方法一致，是否符合適用的會計準則和相關(guān)會計制度的規(guī)定。

9、將各項研發(fā)項目的研發(fā)費用項目進行結(jié)構(gòu)性分析，判斷合理性，做出相應(yīng)記錄。

10、關(guān)注人員人工的費用核算是否合理，重點檢查和關(guān)注整個人工費用結(jié)算的憑證和佐證資料。

11、關(guān)注企業(yè)現(xiàn)金流量表、研發(fā)費用明細表中的人員推算的平均人員工資是否存在異常。

12、對于直接投入應(yīng)重點關(guān)注研發(fā)支出、管理費用、原材料明細賬、原材料購入、領(lǐng)料、結(jié)存明細表、研發(fā)項目分配表等，確認結(jié)轉(zhuǎn)研發(fā)費用合理性、金額的準確性。

13、關(guān)注折舊費用與長期待攤費用攤銷項目，屬于研發(fā)項目和非研發(fā)項目共用的資產(chǎn)，應(yīng)檢查折舊或攤銷的分配方法是否合理。

14、關(guān)注設(shè)計費用的付款申請審批單據(jù)，確認其費用發(fā)生的真實性、金額的準確性。

15、關(guān)注無形資產(chǎn)的真實性及攤銷金額的準確性。

16、關(guān)注委托外部研究開發(fā)投入項目，檢查研發(fā)項目中委托外部研究開發(fā)的投入額是否按80%計入研究開發(fā)費用總額，若超過80%，申報企業(yè)必須做出調(diào)整。

17、關(guān)注其他費用金額是否不高于研發(fā)費用總額的20%。